在地势险峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇宝贝凯尔迪奥追随传说中的圣剑士克巴路欧、泰利奇欧、比利基恩修行，朝着圣剑士的目标持续努力。自不量力的凯尔迪奥不听三位老师的忠告，贸然向龙系最强的神奇宝贝酋雷姆发起挑战，及至交手时才发现自己远远不是酋雷姆的对手。关键时刻，三位圣剑士出现，为拯救弟子而甘愿牺牲自己。伤痕累累的凯尔迪奥落荒而逃，恰巧遇见正在修业旅行中的小智、天桐和艾莉丝一行，而愤怒的酋雷姆也尾随而至。新的战斗意外拉开序幕…… ...