本作作为《图书馆战争》系列最终章的剧场版作品，将以一场撼动日本的恐怖攻击为开头，正在约会中的主角笠原郁与堂上笃收到了紧急召集命令，要去担任小说家当麻藏人的贴身护卫。然而在图书队与净化机关的冲突之中，堂上受到了重伤，而接下堂上委托任务的郁，是否能够保护当麻、同时捍卫自由呢？ ...